Ang proseso ng paggamot sa asin pagkatapos ng desalination ng tubig sa dagat ay maaaring may tiyak na epekto sa kapaligiran. Halimbawa, ang proseso ng paglabas ng asin ay maaaring makaapekto sa balanse ng marine ecosystem at magkaroon ng tiyak na epekto sa mga organismo at halaman sa mga nakapalibot na lugar sa dagat. Samakatuwid, ang mga planta ng desalinasyon ng tubig-dagat ay kailangang gumawa ng naaangkop na mga hakbang upang mabawasan ang epekto ng mga emisyon ng asin sa kapaligiran.