Ang disenyo ng sistema ng paggamot sa tubig ng hemodialysis ay napakasalimuot at nangangailangan ng maraming yugto ng paglilinis upang matiyak na ang kalidad ng tubig ay nakakatugon sa mga pamantayan. Ang mga pangunahing hakbang ay kinabibilangan ng raw water pretreatment, RO treatment, pure water storage and distribution, at final monitoring and control.