Nag-aalala ang mga environmentalist na ang mga proyekto ng desalination ng tubig-dagat ay maaaring magkaroon ng negatibong epekto sa mga lokal na pangisdaan at marine ecosystem. Ang mga halaman sa desalinasyon ng tubig-dagat ay maaaring makalanghap ng buhay-dagat, lalo na ang larvae ng isda, na nagdudulot ng pinsala sa mga yamang pangisdaan. Bilang karagdagan, ang wastewater at tubig-alat ay maaaring ilabas sa panahon ng proseso ng desalination ng tubig sa dagat, na nagdudulot ng polusyon at kaguluhan sa marine ecosystem.

Sinusuri ng artikulong ito ang istraktura ng gastos ng proseso ng desalination, kabilang ang teknolohiya, enerhiya, sukat, at iba pang aspeto. Kahit na ang kasalukuyang mga gastos ay medyo mataas, ang pag-unlad sa teknolohikal na pagbabago, ekonomiya ng sukat, at pamamahala ng pagpapanatili ay unti-unting magbabawas ng mga gastos.