Ang isa sa mga pangunahing isyu sa desalination ng tubig-dagat ay ang mataas na pangangailangan ng enerhiya, at ang mga carbon emissions mula sa proseso ng paggawa ng enerhiya ay maaaring magkaroon ng negatibong epekto sa kapaligiran. Ang mga concentrated brine by-products mula sa proseso ng desalination ay isa ring pangunahing alalahanin, at ang mga kemikal na ito ay maaaring magdulot ng potensyal na banta sa kalusugan ng tao kung hindi mapangasiwaan ng maayos.